迪士尼彩乐园Ⅱ 脑脊液cfDNA检测助力原发性或鼎新性CNS肿瘤临床诊疗
发布日期:2023-12-23 03:09    点击次数:148

在疑似原发性或鼎新性核心神经系统(CNS)恶性肿瘤患者中,脑脊液(CSF)细胞病理学分析局限于检测肿瘤。本商酌探索了使用 CSF 液体活检(LBx)检测 CNS 的肿瘤进程。使用 302 基因panel对疑似鼎新性(N = 106)或原发性 CNS(N = 23)肿瘤患者的CSF游离 DNA(cfDNA)进行深度测序。4 份样本(3%)(3 份鼎新性和 1 份原发性)未通过测序质控程序。在103例疑似鼎新性肿瘤患者中,84例(82%)证实鼎新性肿瘤。在22例疑似CNS肿瘤患者中,11例(50%)证实原发性CNS肿瘤。55 份样本(54%)检测到染色体颠倒。23 例(22%)鼎新性肿瘤患者和 1 例(5%)原发性 CNS 肿瘤患者检测到胚系突变。在 29 例鼎新性乳腺癌患者中,2 例(7%)有 ESR1 突变,9 例(31%)有 PIK3CA 突变。在 21 例鼎新性肺癌患者中,9 例(43%)有 EGFR 突变,5 例(24%)有 KRAS 突变。在 14 例患者中比较了 CSF LBx 与外周血 LBx,13 例(93%)仅知道 CHIP迪士尼彩乐园Ⅱ,1 例患者知道 CNS 原发性肿瘤突变。14 例患者的纠合样本标明,CSF LBx 可用于监测调节甩手。本商酌标明,CSF LBx 在临床上是可靠的,在很大一部分鼎新性 CNS 肿瘤患者中提供了有价值的甩手,在原发性 CNS 肿瘤患者中,在较小进程上亦然如斯。

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商酌布景

疑似原发性或鼎新性核心神经系统(CNS)恶性肿瘤患者往往分析脑脊液(CSF)评估是否存在肿瘤。老例方式的细胞学检查往往是不充分的,因为CSF样本中肿瘤细胞较少。从 CSF 样本中得到的细胞数目有限,这也达成了进行特等检测评估免疫表型、染色体颠倒和基因变异的材干。对于评估血液系统恶性肿瘤累及 CNS 的情况,染色体流式细胞术和细胞遗传学数据对于会诊和细则调节至关垂死。对于原发性和鼎新性实体瘤,基因组颠倒的分子评估对于靶向调节和评估耐药机制也很垂死。然而,在大无数累及 CNS 的癌症类型中,尤其是实体瘤,在 CSF 中很少能够找到饱和的轮回肿瘤细胞。此外,即使通过显微镜检查识别了肿瘤细胞,频频数目也过少,难以进行辅助检查来识别特定的生物学特征,细则精确调节方式。

与正常细胞比较,肿瘤细胞更新换代的速率更快,零碎 DNA 和 RNA 的速率更快。由于这些特质,在一些器官中,外周血游离 DNA(cfDNA)和 RNA(cfRNA)已被宽敞用于评估鼎新性和局限性肿瘤。然而,由于血脑樊篱,在外周血中很少检测到来自 CNS 肿瘤的 cfDNA。检测 CSF 中的 cfDNA 或 cfRNA 能够能为检测 CNS 内的肿瘤进程提供一种更可靠的方式。

为此,咱们从疑似原发性或鼎新性肿瘤累及 CNS 的患者中荟萃 CSF,分析 cfDNA 和 cfRNA。

商酌甩手

在商酌时代,检测了来自疑似鼎新性(#105)或原发性(#23)CNS 肿瘤患者的 129 份 CSF 样本。中位患者年岁为 58 岁(畛域:19 至 86)。在这 129 份 CSF 样本中,4 份因 cfDNA 测序数据不合适质料程序而被摒弃:3 份来自疑似鼎新性 CNS 肿瘤患者,1 份来自疑似原发性 CNS 肿瘤患者。除了一份样原本自一例被会诊为乳腺癌的患者外,其余统共检测样本在老例细胞学检测中均未知道会诊甩手。在 14 例患者中,还荟萃了外周血(PB),并使用调换的技巧和调换的方式检测 cfDNA 和 cfRNA。此外,14 例患者荟萃和检测了两份或以上纠合样本。在 92% 的样本中,cfRNA 数据莫得达到咱们的质控(达到 8000 万reads和大于 20% 的剪接read)。

鼎新性肿瘤的阳性率高于原发性CNS肿瘤

在来自疑似鼎新性肿瘤患者的 103 份 CSF 样本中,84 份(82%)知道常见于实体瘤或淋巴瘤的突变或染色体颠倒,证实了 CNS 鼎新的会诊(表 1)。在会诊为乳腺癌(91%)、肺癌(95%)或淋巴瘤(71%)的患者的CSF样本中,好多检测到此类颠倒。比较之下,仅在 11 例(50%)(P 值 = 0.004,Kruskal-Wallis 考试)疑似原发性 CNS 肿瘤患者样本中识别原发性 CNS 肿瘤(表 1)。与侵袭性较低的肿瘤比较,胶质母细胞瘤知道出更高的阳性率(表 1)。在 CSF 中识别实体瘤的存在并不成分离软脑膜疾病和脑执行肿瘤。

表1

CSF检测到染色体颠倒

在鼎新性肿瘤患者的 103 份样本中,55 份(54%)检测到染色体结构颠倒,而在 23 份原发性 CNS 肿瘤患者样本中,只消 4 份(18%)检测到(表2;图 1、图 2)。只消 1 例鼎新性肿瘤知道染色体颠倒,无体细胞突变。该病例知道 5q 增多,波及 PDGRB,16q 缺失,可能是由于 PDGFRB 扩增以及可能的 16q 纯合缺失。一些检测到的颠倒与调节相配相干。20 份样本知道一个或多个调节相干基因扩增,包括 PDGFRB、ERBB2、CCND1、MDM2、FGFR1、MYC、KRAS 等(表 2;图 1)。如表 3 所示,比较合并时辰荟萃的 CNS 与外周血样本发现,统共外周血样本均未检测到染色体颠倒。

表2(傍边滑动检察更多)迪士尼彩乐园Ⅱ

图1

图2

表3

染色体颠倒的存在与否与会诊和预后相干。举例,表 4 知道了具有单个颠倒(12 三体)的淋巴瘤患者(患者 #2)达到缓解并在 406 天后保捏缓解,而具有多个染色体颠倒(复杂颠倒)的患者 8 在 285 天内复发。

表4(傍边滑动检察更多)

CSF突变谱

检测到的突变因肿瘤类型而异。然而,21/125 份样本(17%)知道 ASXL1、TET2 和 DNMT3A 突变,可能代表 CHIP(潜能不决的克隆性造血)。其中 2 例严格知道 CHIP,无其他颠倒,被觉得鼎新性或原发性 CNS 肿瘤的分子笔据为阴性。比较 PB 与 CSF,13/14 的比较样本知道 PB 突变水平低,主要为 CHIP 或胚系。1 例弥散性中线胶质瘤患者 PB 和 CSF 均知道 H3-3A(H3K27M)突变。然而,CSF 的突变水平权臣高于 PB(变异品貌 36% vs 0.001%)。更垂死的是,统共 PB 样本均未知道染色体颠倒,而 8/14 的病例 CSF 知道权臣的染色体颠倒。

在 125 例提供信息的病例中,24 例(19%)检测到高品貌(VAF)(40%–50%)突变,提醒胚系突变。其中,2 例检测到 BRCA1 突变,3 例BRCA2,3 例PRKDC,5 例CHEK2,2 例FANCC,2 例PALB2,1 例ALK,1 例BARD1,1 例TP53,1 例PTEN,1 例MSH2,1 例MPL,1 例SRC。这些胚系突变大多波及 DNA 树立,导致同源重组弱势(HRD)。当分析样本的肿瘤分数权臣较高时,分离胚系突变与体细胞突变可能很艰辛。然而,在大无数液体活检样本中,迪士尼彩乐园Ⅱ肿瘤分数相配低,胚系突变的 VAF只消当胚系突变和各式体细胞突变之间存在权臣各别时才判定。

在 29 例阳性甩手的乳腺癌鼎新性肿瘤中,2 例(7%)有 ESR1 突变,9 例(31%)有 PIK3CA 突变。在 21 例阳性肺癌病例中,9 例(43%)有 EGFR 突变,5 例(24%)有 KRAS 突变。

CSF液体活检的临床相干性

CSF 知道存在癌症相干分子颠倒可算作癌症累及 CNS 的说明性检测,这些发现也与调节和监测相干。在 CSF 中不错检测到耐药相干突变以及新的可操作突变。表 4 展示了使用 CSF 液体活检进行患者监测的示例。前 4 例患者在调节后从阳性转为阴性,而患者 8 推崇出低水平突变,提醒可能的淋巴瘤,但在随后的检测中转为昭着的弥散性大 B 细胞淋巴瘤。颠倒水平以每 1 mL CSF 的分子水幽静量陈述(数据未知道),该水平不错定量监测。天然莫得永劫辰的随访,但从有限的数据来看,转为阴性 CSF 可能与较好的结局相干。举例,表 4 中患者 #2 在 406 天后仍处于 CR 景象,提醒较好的无进展生计期和可能的总生计期。

讨 论

CSF 提供了不同于外周血浆的特殊环境。CSF 包含的细胞、卵白质和糖水平昭着较低。此外,CSF 和外周血浆之间的卵白质图谱以及对种种肿瘤或炎症进程的反应身分也存在各别。CSF 特异性富含 T 细胞。因此,CSF 频频不成为细胞存活和老例细胞学检查提供精粹的环境,在存在 CNS 鼎新的情况下,CFS 细胞学评估往往不细则或阴性。CSF cfDNA 和 cfRNA 下一代测序可能是一个很好的替代方式。更垂死的是,对分子颠倒的基因组分析可能提供对于靶向调节或预测对特定调节耐药性的信息。

本商酌甩手标明,CSF cfDNA 测序是评估鼎新性肿瘤累及 CNS 的可靠方式。然而,咱们评估 cfRNA 的尝试标明,在大无数情况下,cfRNA 降解,无法可靠地用于分子评估或定量。与外周血不同,cfRNA 检出水平相配低,尽管 cfDNA 很容易检出且水平相对较高。对低水平 cfRNA 进行测序会导致高抒发基因(频频为管家基因)的 RNA 水平偏倚,而参与肿瘤发生进程的垂死基因未被检测到(零水平)。本商酌标明,在鼎新性肿瘤患者中,使用 cfDNA 时,82% 的CSF样本知道临床灵验的信息。所商酌的鼎新性肿瘤包括实体瘤和淋巴瘤(表1)。乳腺癌最常见,其次是肺癌;在这些癌症中,液体活检识别肿瘤的比例分别为 91% 和 95%。高比例(68%)的淋巴瘤(DLBCL 和其他类型)的 CSF 液体活检也呈阳性。

更垂死的是,液体活检甩手频频在调节选拔方面具有临床相干性。举例,31% 的乳腺癌知道 PIK3CA 突变,提醒不错被 PI3K 扼制剂靶向;9% 知道 ESR1 突变,提醒氟维司群和 CDK4/6 靶向调节可能成心。在肺癌病例中,43% 知道不错靶向的 EGFR 突变,24% 知道 KRAS 突变。这些发现赞成佩戴EGFR和KRAS突变的肺癌更倾向于累及CNS。此外,CSF 液体活检可用于监测患者和评估调节甩手。表 4 的数据具有临床价值,可匡助医师制定个体化精确调节。

咱们的检测panel包括大无数已知与遗传性癌症相干的基因。淌若它们不参与癌症,应通过检测皮肤活检或外周单核细胞样原本说明是否存在胚系突变,示知主治医师可能存在胚系突变相配垂死。当变异品貌(VAF)在 40% 到 50% 之间时,瞻望为胚系突变,当 VAF 权臣较低时,则怀疑为其他突变。意旨的是,在这一系列患者中,在 22% 的鼎新性肿瘤患者样本中检测到胚系突变,权臣高于统共类型癌症的预期比例(6% 至 10%)。有商酌标明,癌症易感基因胚系突变的患者可能有较高的 CNS 受累倾向,这可能反馈了鼎新至 CNS 倾向更高的癌症类型。本商酌中高比例的鼎新性肿瘤患者患有乳腺癌,胚系突变在乳腺癌的肿瘤发生中起垂死作用,这也许是咱们病例中胚系突变率高的原因。

CSF 还检测到权臣的染色体增多和缺失,这不仅与临床会诊相干,还与调节方式相干。教育一半(54%)的鼎新性肿瘤患者 CSF 检测到染色体增多或缺失。一份来自一例鼎新性乳腺癌患者的样本知道染色体窜改,莫得单个基因点突变。比较单基因突变,乳腺癌的肿瘤发生更可能由染色体结构颠倒运转。识别此类颠倒对于会诊和调节选拔皆很垂死。举例,检测到 ERBB2、CCND1、MDM2 和 FGFR1 基因扩增与靶向这些基因的调节选拔关系。

尽管本商酌样本量较小,但咱们的数据标明,原发性 CNS 肿瘤不错使用 CSF 识别,尽管与鼎新性肿瘤比较,检出率要低得多(原发性 55% vs 鼎新性 82%)(表 1)。在波及疑似原发性 CNS 肿瘤的 22 例提供信息的病例中,11 例知道肿瘤笔据,4 例知道与分类和预后相干的染色体结构颠倒。只消一例样本提供信息的患者知道胚系突变,发生于CHEK2。

基于 CSF 分子发现作念出调节方案是新的临床实践,应严慎履行。调节方案应试虑合座临床推崇和病史。在评估 CSF 分子发刻下,应摒弃 CHIP。如表 3 所示,在 CSF 中频频也不错检测到一些 CHIP 突变,但当肿瘤累及 CNS 时,实体瘤颠倒频频占主导地位。将 CSF 甩手与 PB 甩手进行比较可能是一种很好的程序作念法。此外,确保 CSF 甩手与预期的原发肿瘤甩手一致相配垂死。

湖人面对西部第二的火箭对决,他们在上半场表现糟糕,持续被火箭压制最多时刻32-54落后22分巨大差距,上半场结束也是49-67落后18分差距。在上半场比赛,詹姆斯的表现并不理想,他首节只有2中1得到2分4篮板2助攻表现,次节3中1再得3分2篮板2助攻。

主要内容是针对CBA第25轮新疆对山东的比赛中,新疆队和赛区出现的一些不文明现象。 “在比赛期间,新疆男篮教练员刘炜有涉及对方球员的不正当言论,且在赛后新闻发布会发表了指责性言论;新疆男篮球员皮特森在赛后也通过个人社交媒体就本场比赛发表了不正当言论。此外,比赛期间观众席还出现辱骂临场裁判员的情况。”

总之,在鼎新性肿瘤患者中,CSF 液体活检对于评估 CNS 受累是可靠的,在原发性脑肿瘤患者中,在较小进程上亦然如斯。咱们的论断受到病例数目相对较少的达成,需要进一步的商酌将 CSF 分子发现与结局相干联。

参考文件:

Ahmad Charifa, Sally Agersborg, Arash Mohtashamian, Andrew Ip, Andre Goy, Maher Albitar, Liquid biopsy for evaluating mutations and chromosomal aberrations in cerebrospinal fluid from patients with primary or metastatic CNS tumors, The Journal of Liquid Biopsy, Volume 6迪士尼彩乐园Ⅱ, 2024, 100281, ISSN 2950-1954, https://doi.org/10.1016/j.jlb.2024.100281.

发布于:江苏省

 
 


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